Urodził się 20 maja 1927 roku w Krakowie. Święcenia kapłańskie przyjął 2 kwietnia 1950 roku z rąk kard. Adama Stefana Sapiehy. 29 grudnia 1978 r. otrzymał nominację biskupią, a sakrę biskupią przyjął 6 stycznia 1979 roku z rąk swojego krakowskiego poprzednika - papieża Jana Pawła II, a jego uroczysty ingres do katedry wawelskiej odbył się 28 stycznia 1979 r. 30 czerwca 1979 roku został kardynałem.

W latach 1979-1994 kard. Franciszek Macharski był wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski. Pełnił funkcje przewodniczącego Komisji ds. Nauki Katolickiej i Komisji ds. Apostolstwa Świeckich. Należał do watykańskich kongregacji: ds. Biskupów, ds. Duchowieństwa, ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego oraz ds. Wychowania Katolickiego.

Na emeryturę przeszedł w 2005 roku, a jego następcą został ówczesny abp Stanisław Dziwisz.